Miałem podobny problem i jest to podobno typowa sprawa szczgólnie dla E46, ale niestety dotyczy to również E90, u mnie uszkodzeniu uległ jeden z przekaźników w "module komfortu", który znajduje się za schowkiem. Na stykach przekaźnika robi się tzw. szpilka która nie pozwala przewodzić prądu. Najlepiej byłoby wymienić ten przekaźnik ale podobno bardzo ciężko go kupić, więc elektronik który mi to naprawił coś tam wyczyścił i zlikwidował wspomnianą szpilkę.